Das Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin bietet eine umfassende interdisziplinäre Versorgung in den Fachabteilungen Kinderheilkunde (Pädiatrie), Früh- und Neugeborenenmedizin (Neonatologie), Kinderchirurgie, Kinder- und Jugendpsychiatrie sowie im Sozialpädiatrischen Zentrum an.

Chefarzt Professor Dr. med. Hubert Fahnenstich leitet das Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin, in dem alle körperlichen und seelischen Erkrankungen und Entwicklungsstörungen von Kindern und Jugendlichen bis zum 18. Lebensjahr behandelt werden. Pro Jahr werden rund 4.000 Patienten stationär betreut. Insgesamt stehen 69 Betten auf Normal- und Intensivstation in der Kinderklinik und zusätzlich 32 Betten/Plätze in der Kinder– und Jugendpsychiatrie zur Verfügung. Das Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin ist Akademisches Lehrkrankehaus der Universität Freiburg. Außerdem bildet die Neonatologie des Zentrums mit der Geburtshilfe das Perinatalzentrum der Stufe 1 auf dem Niveau einer Universitätsklinik.